本剧是1987～1992年香港亚洲电视公司根据正史与民间野史编写的剧集，动员了亚洲电视台的大部份艺员参与拍摄。该剧不但在香港造成了收视热潮，也在香港以外的地区受到相当程度的欢迎。剧名《满清十三皇朝》，源自民国八年（1919年）由“燕北老人”所著《满清十三皇朝秘史》。二者描写的俱为努尔哈赤建立的后金国与清朝共十二位皇帝。（包含十一代，同治帝和光绪帝为堂兄弟）。燕北老人因为皇太极（清太宗）将国号由“金”改“清”，年号亦由天聪改为崇德，算两个皇朝。故称之为“满清十三皇朝”。
深水埗，香港最龍蛇混雜的地方，卻孕育出一股俠義情懷，成就一個現代傳奇。他經歷過死亡，心心念念，要傳承父親濟世為懷的人道精神，接受過西方教育，卻熱衷中國傳統的太極和射藝。他深信父親傳下來的活絡油，可以通經絡、治未病，身為中醫師，更矢志改變一般都市人對痛症只會濫用止痛藥的陋習，用現代化的方法包裝營銷家族藥油，不為金錢，只為宣揚一種理念，中藥油不比西方的止痛藥差，而且更安全，副作用更少。 為了進一步推廣中醫，他沒有停下來，活用中國第一部醫書《黃帝內經》醫學理論，無償救治一個又一個被西醫放棄的病人，治療各種奇難雜症，甚至冒險用上獨特的針灸方法，就算被推上風口浪尖也無畏無懼，只求為這些貧苦絕望的病人提供西醫外的另一個選擇，帶來希望⋯
柳仲元师父是一个盛名一时的武术家，他早已告老归田，与家人隐居乡间，闲时为村民医治跌打，甚得人敬重。柳师父有一子两女。长女柳凤已出嫁，由于丈夫赴英谋生，她与幼子回娘家居住，每天在父亲的医馆帮忙。次女柳仪，性格爽朗，就读大学的她，与自幼跟随父亲习武的哥哥柳龙相反，对习武完全提不起兴趣。柳龙中学毕业后再无心向学，终日游手好闲，更恃懂得武功，不时生事与人打架令柳师父甚为担心。在柳凤的苦劝下，柳师父决定开设武馆授徒，希望柳龙有了工作寄托，不再出外生事。无奈柳龙贪慕虚荣，欲加入演艺圈成为武打明星，因此被黑社会利用，更连累父亲被要挟，究竟柳师父最后能否凭他的一身武功及仁义之心与黑势力对抗，令儿子及时浪子回头呢？
人如其名的陈默默（杨丞琳 饰）是个存在感极其薄弱的人，比起社交更喜欢在家待着；比起谈恋爱，还是二次元的卡巴沙王子更帅气体贴。迷恋少女漫画里的异星球王子的默默是货真价实的宅女一枚。一直以来的平凡生活被突然来读大学的前当红偶像MARS（汪东城 饰）所打乱。学校要找人做MARS的向导，最后抽签的结果居然是默默。于是心不甘情不愿的默默和MARS的孽缘就此展开。本来还算相安无事的二人因为MARS随意把自己的签名签在了卡巴沙王子的脸上，让默默突然大爆发。就此结下梁子的二人本以为此后再也不见，没有想到阴差阳错，二人住在了一起。于是宅女和偶像男星的同居生活开始了。 一边是一直活在二次元里的卡巴沙王子的忠实追随者；一边是名义上在学校深造实际被雪藏的落魄偶像。二人会碰撞出什么样的火花呢？
翠竹镇上有孟丽君（叶璇 饰），喜爱女扮男装出外求学淘气，才智过人天性聪慧的她是大夫孟士元的掌上明珠。机缘巧合下，男装打扮的她认识了同是乔装打扮的皇上铁穆耳（马德钟 饰）和憨直少年皇甫少华（林峰 饰）。孟丽君常听见暗夜笛声，早对吹笛人芳心暗许。家中早已安排好丽君与少华的婚事，怎奈由于彼此隐瞒的关系，丽君并不知道少华就是自己结拜的二哥，同时又误以为吹笛人就是铁穆耳，以致情根错钟。拒绝盲婚哑嫁的她带着丫鬟离家出走。 丽君四处闯荡之际被山上的劫匪劫走，随后发现皇甫少华也被劫来，此时方知道这就是自己的未婚夫，大为惊讶！然而在相处中，渐渐得悉皇甫少华的好处。 少华告知丽君，自她走后，恶霸一方的刘家抢亲逼婚，丫环映雪代丽君出嫁，在新婚之夜跳河自尽，而孟老爷也被诬蔑成朝廷钦犯，押解上京。 丽君开始了，漫漫的上京路。救父亲，找仇人。前路上等待的，除了劫难，还有幸福。
一直发梦成为旅游界导游天王的吴嘉仪（郭晋安 饰）和女友司马淑贞（汤盈盈 饰）开了一家旅行社，但遭人欺骗欠下巨债被迫破产，无奈的嘉仪只求安稳度过破产期的最后几个月，然后和淑贞结婚卷土重来，殊不知女友与死党程少山（Bob 饰）暗结情缘，令他大受打击，期间遇上新移民社工易雪飞（万绮雯 饰）、由东莞来香港发歌星梦的表弟蔡芯（王祖蓝 饰）和骗饮骗食的老歌女梦露（朱咪咪 饰），再加上瞒骗自己已完成硕士课程的妹妹吴芝晴（王菀之 饰）刚从台湾回来，一连串夹杂着来自中港差异文化的家庭闹剧爆笑上演，令一向自卑兼懦弱的嘉仪恍然大悟，明白到自己的终极梦想原来是……
开心女鬼郑裕玲，整蛊作怪，笑料百出！ 大情大性的傻大姐杨巧儿（郑裕玲 饰），虽为风尘女子，却是一个对爱情死心塌地的人。一次巧儿与男友因婚事闹翻，一怒之下自杀枉死。她阴魂不散，徘徊天界，遇上珍妃（吕有慧 饰），在其循循善诱下行善积德，欲投胎转世为人。 在投胎期限前，巧儿多次下凡，与自小相依为命的妹妹可儿（邓萃雯 饰）共度天伦。另方面，哈家明（林立三 饰）对可儿照顾有加，令巧儿萌生爱意，从而发展了一段人鬼恋。 明的哥哥家光（吕良伟 饰）是巧儿的生前好友，被涉及一宗杀人事件中，得巧儿之助，幸免于难，惟巧儿却因此放弃了投胎的机会。本来巧儿将如烟雾般消逝，但天意莫测，她与明最后竟在一个奇特的环境下重逢……
法政先锋们的故事还在继续，这次的主角是法证部的高级化验师布国栋（黎耀祥 饰）。号称“人肉百科全书”的国栋知识渊博，且一直不断学习，他与法医科高级医生钟学心（张可颐 饰）既是事业上的伙伴，又是生活中的好友，共同研究工作上的疑难杂事，又互相倾诉生活中的困扰。学心的好友凌倩儿（徐子珊 饰）任职于西龙九重案组，作为高级督察的她，身手了得，和警长李展风（吴卓羲 饰）是好拍档。法医部、警界等因为各类案件而经常需要合作，而正是在他们的联努力下，一起起棘手的案件被侦破。 布国栋和妻子周奕霏（胡定欣 饰）因为观念不和，最终以离婚收场，而他与学心的感情也与日俱增，学心童年悲惨的经历让他们把目光投向了新的案件上……
剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
故事发生在光绪二十四年间，皇帝被囚，朝廷上下一片混乱。孟小山（张卫健 饰）是一个名不见经传的刽子手，一次偶然中，他结识了名叫柳青青（江淑娜 饰）的女子。大太监李莲英（沈孟生 饰）心怀鬼胎，不巧被孟小山和柳青青撞破，心虚的他遂收两人为心腹，并将他们强装打扮成太监，送入宫内。 在那里，孟小山遇见了活泼开朗桀骜不驯的多罗格格（张庭 饰），两人不打不相识，随着时间的推移，多罗格格渐渐被孟小山的率真所吸引，芳心暗许。那边厢，柳青青暗恋曾经的救命恩人唐啸天（翁家明 饰）已久，得知唐啸天准备却解救身陷囹圄的皇帝，便拉上了孟小山上了“贼船”。
齐宣王（郭晋安 饰）得知深山之中有一位拥有高超智慧的神秘之人钟无艳（陈法拉 饰），前去寻找，并且许下了诺言答应满足钟无艳的一切要求，哪知道钟无艳竟然提出想要嫁给齐宣王，成为宫中的皇后娘娘。 钟无艳的脸上有一块红色的胎记，模样十分可怖，令齐宣王敬而远之，与此同时，齐宣王迷恋上了拥有天仙般美貌的夏迎春（陈敏芝 饰），答应立她为后，一时间，齐宣王没了主意。最终，齐宣王同时迎娶了两位女子，分别立她们为“东宫”和“西宫”，开始了“有事钟无艳，无事夏迎春”的荒诞生活。钟无艳虽然丑陋，却有着一颗善良的赤子之心，而夏迎春则在背地里筹划了一个阴谋，想要陷齐宣王于不义之中。
清康熙年间，一场‘拳倾天下’武术大赛上，代表满人的鳌飞﹝郭政鸿﹞与代表汉人的谭天﹝元华﹞势均力敌，惜天于比赛时遭人陷害而惨败，其父气愤过度吐血而死，天成众矢之的，变得懦弱悲观。为完成父之心愿，天开办武馆寻找传人，先后收京城捕快马不平﹝魏骏杰﹞及孤儿罗喜﹝唐文龙﹞为徒。两人后来更与天之妹谭雪﹝吴文忻﹞展开一段微妙的三角关系。 飞一直对天有所顾忌，得知他已得传人，遂命令好友平暗杀天。平不忍下手，故意将事情张扬，引起了康熙的关注。飞见事败，对平多番加害，又揭发喜为满人之身份，使其黯然离开天。飞结识汉族女子朱震南﹝梁琤﹞，两人互生情愫，并发展一段地下情。南为飞不惜与父决裂，助其暗杀朝中敌人，惜事败被擒，飞为求自保，竟然痛下毒手....
