第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
罗式适（陈茵薇 饰）被未婚夫程展博（杨明 饰）和闺蜜黄淇英（高海宁 饰）同时背叛，情感受到严重伤害的式适决定放手。直到失去了式适，展博才明白了她的好，可此时的式适已无意回头。为了追回式适，展博找到了自己的好友陆恭梓（程展鹏 饰），向他寻求帮助，恭梓对式适亦有说不清道不明的好感，面对好友的请求，他只得将感情收入心底。 式适将一心希望成为甜品制作师的小姑子介绍到了好友钱进（洪永城 饰）的门下学艺，对师傅日久生情的小姑子在偶然之中发现钱进一直都暗恋着式适。反复伤害她的展博，默默帮助她的恭梓，深深爱恋她的钱进，在这三个男人之间徘徊的式适最终会做出怎样的选择呢？
出生在贫寒之家的容采月（陈秀雯 饰）结识了含着金汤匙出生的千金大小姐乔在美（吴家丽 饰），就此和乔在美的未婚夫傅叟南（马景涛 饰）相遇。乔在美从小到大过得都是养尊处优的生活，个性难免骄纵蛮横，和容采月的温柔体贴形成了鲜明的对比。随着时间的推移，傅叟南渐渐喜欢上了容采月，两人历尽了千难万险，最终走到了一起。 愤怒的乔在美设下重重诡计，企图破坏容采月和傅叟南之间的婚姻，她的计谋得逞了，两人之间出现了无法弥补的裂痕。最终，容采月带着腹中的孩子离开了傅叟南，而后者却一直以为容采月背叛了自己而憎恨着她。一晃眼多年过去，带着已经长大的孩子，容采月回到了上海滩。
明朝洪武年间，良材县农官陈忠之女陈细妹（郑希怡 饰）继承了亡父的遗志，从小便有锄强扶弱之心，义字当头，成为良材县人见人爱的女护农。大利米店老板谢苍天（夏雨 饰）为感激圣上御赐九龙白玉碗，而将其子取名为谢皇上（马浚伟 饰）。谢皇上文采风流，自恃聪明绝顶，势要成为良材县为民请命的好官。谢苍天虽唯利是图，但为圆其子心愿，不惜重金捐官，让谢皇上当上了农官，还聘请了发誓不说话的师爷戴从文（黎耀祥 饰）和几名恶衙差给他。戴从文才高八斗，料事如神。在他的帮助下，谢皇上屡破奇案，两人惺惺相惜，合作默契，关系更为密切。此后，谢皇上接受戴从文的建议消解了与陈细妹的误会，并聘请她作为女护农。
香港男人在深圳建立家庭，在香港工作，每天“冲关”，奔走中港两地，面对工作及生活，这是每一个香港人及内地同胞所热衷话题，【爸爸两边走】选择了这题材为主轴，剧情以温情伦理为主导，故事以写实手法描述香港及内地人对婚姻及感情的看法，回归之后香港及中国之间生活变迁为重点，以亲情及爱情为原素。并以崭新手法，以国内全实景拍摄作包装，给予观众清新写实的感觉。演员阵容鼎盛，包括：林韦辰、万绮雯、张文慈、袁文杰、江美仪、吴廷烨、楼南光、吕有慧、谢雪心、杜挺豪等，全情投演，反影社会实况。 任职男护事的曾耀乾，带着儿子曾诚到机场妻子接机，无意中发现了妻子方泗曼原来与上司杨永祥有奸情，耀乾曾经想挽救这段婚姻危机，无奈妻子将婚姻及事业挂了勾…结婚七年，妻子由一个护士晋升至行政经理，而耀乾还停留在男看护阶段，夫妻的距离由近而远，渐渐同床异梦。耀乾知道无法挽救这段婚姻，欲与妻子离婚，妻子感觉对家庭仍有责任，不肯离异，耀乾为了让妻子死心，带着儿子离去，回到深圳暂住。 耀乾一边在香港工作，一边要回到深圳照顾儿子，开始了爸爸两边走的生活，耀乾每天“冲关”时发觉，原来有很多香港人也是跟他一般的遭遇，每日奔走中港两地，面对工作及生活。当耀乾渐渐适应了中港两边走的生活后，开始在国内认识了不少朋友，其中一个是弱视的钢琴教师常萍，常萍虽然弱视，但人却坚强，对生命充满寄望，不但不需要人照顾，还能反过来照顾耀乾及曾诚…日久生情，耀乾与常萍渐成爱侣。 常萍有一个愿望，希望能参加全国音乐比赛，可惜身体残疾使她不能如愿，耀乾想尽法子帮助常萍治好了她的眼疾，使常萍可以如愿，在数万人面前表演钢琴，常萍喜极而泣…而耀乾也在帮助常萍的过程里，在失败婚姻阴影中爬起来，重新做人。当耀乾及常萍感情成熟，准备结婚之时，却遇到最大的考验…泗曼与永祥的感情告终，想吃回头草，就算不能得回耀乾的爱，也要得回儿子曾诚…最后耀乾面对情义的抉择，作出了一个肯定的抉择…继续爸爸两边走的生活。
1993年TVB所拍的青春怀旧剧，背景是70年代的香港，故事讲述当年红透一时的温拿乐队达上成功之路的过程。找来相貌与乐队中的成员谭咏磷和钟振涛极为相似的新人—朱健钧、钟汉良主演，再配搭当时无线力捧的花旦朱茵和洪欣。可是此剧并未能捧红朱健钧和钟汉良。多年后，朱健钧仍然留在TVB当一些小角色，而钟汉良则到台湾发展。..
成伟信（马浚伟 饰）子承父业，成为了一名律师，他和家人一起来到澳门游玩，偶然之中遇见了名为熊朗荞（陈法拉 饰）的钢管舞女郎。熊朗荞遇人不淑，被前男友拍下裸照以此要挟勒索，在正义感的趋势之下，成伟信向熊朗荞伸出了援手，帮助她脱离了前男友的魔爪。 这段特殊的经历让成伟信开始在意起了熊朗荞的存在，然而，当他决定返回澳门寻找她时，后者却音信全无。当成伟信准备放弃这段感情之时，却意外的在香港同熊朗荞重逢了，然而，熊朗荞对待成伟信的态度却十分冷淡，与此同时，她和富商高永泰（刘丹 饰）之间却打得火热。成伟信得知这变化的背后必有隐情。
武林盟主圣剑门五年一次的招收弟子又开始了，吸引众多尚未涉足江湖的年轻人前往应试。成风（黄宗泽 饰）自小就跟着成大娘、大哥成功跑江湖，以卖艺为生，为了有出息，他也前往投考圣剑门。本来凭成风的身手是无法入围的，但武林前辈高手东方无涯（黎耀祥 饰）得知圣剑门今次招考的弟子有机会参与威力无穷的天玄北斗阵的修炼，而且见成风骨格清奇，于是断定他比非池中之物，为通过成风一窥天玄北斗阵的奥妙，于是暗中帮助他顺利考入了圣剑门。同时考入的还有孤傲的荆磊（郑嘉颖 饰）等，成风和一班师兄弟成了好朋友，凭着热心肠，孤傲的荆磊也和他成了肝胆相照的好兄弟。江湖险恶，荆磊在圣剑门发现了当年娘亲身死的秘密，而成风的身世之谜更是他从来没有想到过的，江湖又一场腥风血雨不可避免……
肖秀琼（薛家燕 饰）是老字号豆品厂的大总管，仗着在厂里工作的时间长资历深，她常常以权谋私给自己的亲戚图威龙（林嘉华 饰）谋福利，这让厂里的太子爷窦彰（张颖康 饰）感到十分不满。联手好友王照明（黎诺懿 饰），两人决定好好的整顿一下厂里的歪风邪气，这令肖秀琼和窦彰之间的矛盾开始激化。 一次偶然中，王照明和自己青梅竹马的玩伴司徒岚（汤洛雯 饰）重逢了，无论是事业和爱情都颇为不顺的王照明将司徒岚视为了心灵港湾，一来二去之间，心心相惜的两人产生了真挚的情感，可是，让王照明没有想到的是，司徒岚的母亲，竟然正是和自己水火不容的肖秀琼。
河口悬本是个民风淳朴，山明水秀的好地方，可是上任不足一年的知县─厉之珏，办案手法胡涂，凡事包庇当地首富欧阳贵，为百姓所齿冷、不得民心，更被视为十年难得一见的「狗官」，背后更被谑称为「九公子」。其实厉之珏本性并不太坏，亦颇有聪明，考得功名后随父亲加入捕快行列，更因一次机缘巧合，救了当地富商欧阳贵，因而被欧阳贵看上，以金钱及手段为其打通关节，让厉之珏成为当地知县，作为自己在官场中的棋子。厉之珏当上县官后，亦曾有过抱负，冀望有所建树，令一众百姓安居乐业，可惜小舅父尤沾旺错手杀人，把柄为欧阳贵掌握，厉之珏只得无奈接受欧阳贵的操控，无论在办理案件，甚或在施行政策上皆以欧阳贵利益为依归，久而久之，办案和做人处世也变得得过且过，毫无原则。厉之珏有一未婚妻钟环，她一直对厉之珏千依百顺，然而在厉之珏当上县官之后，她对厉之珏的态度亦随之大变，从前温柔体贴的性格，演变成为每事关心，事事干涉，微如日常生活，广若厉之珏公务之事，她皆渗透自己的意见，若厉之珏有所不从，便施以颜色，令厉之珏不胜其烦，二人关系亦因而跌进入了无形鸿沟之内，渐感压力。一日，青春少艾的宝琳寻至，并扬言要下嫁厉之珏，令厉之珏啼笑皆非。原来宝琳自小由峨嵋派掌门寂寞师太收养，并授以武功。宝琳十岁时偷偷下山遇险，幸得年少的厉之珏所救，许诺将来以身相许，厉之珏以为宝琳年少戏言，答应了宝琳。但光阴似箭，宝琳现已长得亭亭玉立。宝琳坚决要覆行承诺，下嫁予厉之珏，师太遂给予宝琳半年时间，若半年后仍未与厉之珏成亲，就得回峨嵋出掌掌门之位。 宝琳下山找得厉之珏，赫然发现厉之珏跟当日英伟不凡、正义凛然的梦中情人已成两样，宝琳失望之余，却认定厉之珏只是一时迷失，自己要尽力令他回复当年勇。一次，蒲光对宝琳惊为天人，深觉厉之珏配不上宝琳，蒲光立定决心，要搜集厉之珏的贪污证据，把厉之珏的罪行公诸天下、绳之于法，同时夺得美人归。原籍河口县的蒲光自武当学成下山，当年与厉之珏先后上武当拜师学艺，但厉之珏不出半年便给逐出师门。蒲光今番回来，便是要投身公门，拨乱反正，取缔歪风。 欧阳贵之子欧阳兴垂涎官门之后阮溪纱，但溪纱早已与书生程石川情投意合，故对欧阳兴的追求不屑一顾，欧阳兴追求不遂底下，恼羞成怒竟设计诬程石川，厉之珏深知这是插赃嫁祸，但在欧阳贵的压力下，无奈判处程石川秋后处决。事后厉之珏深受良心责备，亦觉不能再做一个生活在夹缝里的人，为挽回自己的过错，深夜穿起夜行衣往迎救程石川，厉之珏为求掩饰身份，只得随手取过一幅绣有梅花的刺绣幪面。事后厉之珏又怕被人发现，竟塑造了一个专门劫富济贫，行侠仗义的「怪侠一枝梅」出来混淆视听。 「怪侠一枝梅」多番义举广受百姓赞颂，甚或身边的女人，钟环及宝琳亦纷纷成为「一枝梅」的支持者，厉之珏亦开始感到有点儿飘飘然；但当回复县官身份时候，却要面对高官商贾对「怪侠一枝梅」的投诉，令自己对「怪侠一枝梅」这个身份又爱又恨，然而透过「一支梅」的仗义行为亦同时唤醒了藏在厉之珏心底那份正义和良知，亦重新获得尊重及民望，渐渐厉之珏亦爱上了「一支梅」这个隐闭身份。 京城东厂主管方公公亲临河口县，此行虽以公务为名，但真实任务是为当朝皇弟查探其私生子的下落。可是查探期间，京中突然传来皇上驾崩的消息，方公公为保自己在京中的势力，连夜赶返京城。太子登基，成为皇上，便遗派方公公再次重临旧地，务要找到皇子。方公公要找的人竟是一直在河口县当小混混的江小鱼，可是阴差阳错下相认的信物竟意外地落到尤沾旺身上，适逢尤占旺本身亦是孤儿，自小被厉家收养，小鱼亦因与尤沾旺种下情根，遂来个顺水推舟，以为只要尤沾旺做了太子，便可带自己入宫与父皇相见。正当众人以为事件平息之时，岂料方公公态度急转，原来方公公受了太后密令，要将尤沾旺杀死，免绝后患。小鱼的爱郎行径却变成了祸及无辜。骆富更藉着和方公公勾结，再次要置厉之珏及蒲光等人于死地，正邪双方之战一触即发。
故事发生于民初，三个天师仔方岚（杜德伟）、林文峰（陈庭威）及陆长安（许志安），不甘屈于穷乡承继父业做天师过一生，遂齐到龙城县闯一番事业。 三人机缘巧合，得到一笔巨款，遂合资开设西茶室，方岚结识县长叶泉（杨泽霖）之女叶嘉欣（李婉华）二人共坠爱河，惜二人阶级悬殊，感情屡起波折，其后黎月嫦（何美婷）介入，发展成一段三角恋。 文峰则爱上千金小姐罗美娥（蔡嘉利），娥崇洋，不屑与峰来往，后娥父破产，峰加以照顾，终打动其芳心。 县长之秘书姜文（欧瑞伟）密谋报仇夺位，狄英（骆应钧）欲杀方庆（林蛟）及林荣（秦煌）报仇，二人合作，利用僵尸四出作恶，后更与盗墓贼韦约翰（戴志卫）狼狈为奸，弄至满城风雨，嘉欣复被利用杀死亲父，长安及其爱人小梅亦惨死，岚、峰为公为私，誓与文对抗到底…
上市集团明杰集团的高管学祺（刘松仁 饰）是一位典型的成功男人，可惜妻子皓雪（汪明荃 饰）在十六年前的一场车祸后昏迷不醒，学祺这些年来又当爹又当妈独力抚养大三个子女。学祺与公司的女同事卓琳（苏玉华 饰）相恋多年，虽然学祺一直没有抛弃妻子，但除了大女儿庆家，身边所有人包括母亲胜男、儿子庆齐、小女儿庆欣等都早已接受了卓琳。庆家一直认为卓琳是破坏她家庭的人，她绝不能让卓琳抢走母亲的位置。一次，学祺得知卓琳忍受着至亲离世的伤痛赴台处理公事，准备待她回来后就正式向她求婚。在学祺前往医院向病床上昏迷的妻子剖白时，皓雪突然醒了……
