第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
徐菁(李嘉欣)与青梅竹马的男友世昌(郭晋安)同在豪城酒店任职。菁为酒吧侍应，世昌则为宴会部主任。菁与昌本来打算两年後结婚，但一次偶然机会，菁结识了富家公子大为(吴镇宇)，大为对菁展开金钱挂帅的追求攻势，菁心动，遂答应与大为结婚。昌见大为之兄亨利(陈庭威)行为荒诞，又不理其妻莉莉(邓萃雯)，到处拈花惹草，故昌力劝菁，但菁不听。婚礼当日，竟发生了一件令人出乎意料之外的事……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
贺义（谢天华 饰）是衔着金汤匙出生的富家大少爷，从小就过着养尊处优的富贵生活。贺义没有别的什么兴趣爱好，唯一的爱好就是赌，不管怎样的赌局，都能激发他狂热的兴趣。某天，贺义狂赌了三天三夜，最终因为体力不支而晕倒在了路边，此时，一位名叫杜丽莹（钟嘉欣 饰）的姑娘恰巧从旁边路过，救起了贺义，两人 就此相识，而贺义更是不可自拔的爱上了杜丽莹。 在误打误撞之中，杜丽莹成为了贺义的妻子，可是，杜丽莹生平最恨的事情就是赌博。为了讨太太的欢心，贺义发誓戒赌，可是现实哪里有这么容易，一次又一次的，贺义出尔反尔，并且最终连太太都给输了出去。
漫天飞雪，瑟瑟寒冬。东邪黄药师（姜大卫 饰）一人独饮，挥酒淋剑，一场腥风血雨似在这刀光剑影中一触即发。天下第一武学奇书《九阴真经》引发江湖纷争，缘起缘灭，掀起连番恶斗。华山论剑后，真经之争似已平息，然而金国萨满教圣女冯蘅（梁佩玲 饰）因教中法器与真经有关，被卷入武林争夺之中。危急中，冯蘅被黄药师所救，两人互生情愫，情根深种。黄药师为救冯蘅身中剧毒，冯蘅只得从周伯通（廖启智 饰）手中骗取真经，却引来西毒欧阳锋（罗乐林 饰）前来抢夺，欲将之据为己有。铁掌帮大弟子陈玄风（张智霖 饰）本与白驼山首席女弟子梅超风（关宝慧 饰）势不两立，却在阴差阳错间结下不解情缘，更双双成为黄药师爱徒。然而欧阳锋仍对真经耿耿于怀，不惜胁持梅超风逼迫陈玄风偷取真经，徘徊在恩师与爱侣之间的陈玄风，矛盾不已。
明朝严世藩（罗乐林）为排除异己杨继盛，遂派出豢养的杀手“十三死肖”往杨家斩草除根。杨家乃武林世家，十二死肖接连失手，藩最后唯有派出最厉害的第十三死肖“人”（钱小豪）执行任务。适盛之子云清（张兆辉）有事要赴武当，杨家无人能敌“人”之武功，惨遭灭门。当“人”手刃身怀六甲的杨家媳妇时，天刚正亮，就在此刻“人”发生极大变化！原来“人”只能于夜间杀人，天亮便复现人性。“人”在日出那瞬间杀人，良心发现痛不欲生，决背叛藩流浪江湖。藩恐“人”成后患，下令余下死肖追杀之。“人”幸得清仗义相助，得以歼灭所有死肖，清更不记旧仇助“人”解除毒咒回复常态。“人”为报答清，决以死赎前罪……
生于香港名门望族的宋一夫（任达华）为了建设祖国，甘愿与妻子（米雪）放弃名利在中国当上干部。及后遇上文化大革命，一夫同僚江青风惨遭亲子江书海迫至自杀；一夫夫妇被批斗，并先后死亡。 宋一夫之子宋邦，为人乐观积极，反之江书海因迫死父亲而变得孤避。长大后，海（吴启华）与邦（黄日华）的妹庭（伍咏薇）成为恋人。后海与邦因参与寺无运动被公安追捕而逃至香港。邦在香港认识美丽（戚美珍）和美玲（翁虹）两姐妹，感情路上在两女之间徘徊，事业上凭毅力在波折中取得成功……
脱城龙自小被牙医脱可喜收养，其后喜妻阿妹诞下亲儿脱城津，但仍龙视如己出，且未瞒龙之身世，故龙对脱家并无隔阂。 李婉华 龙为一偿喜盼有子继承之心，愿遂修读牙医，而津因为心向学，凭其伶俐口齿，甚得老皮吴震波信任；而龙自小求学至挂牌，时有倒霉之事发生，加上幼时养成口吃陃习，使之一直心生自卑，幸有妹及津时予开解。妹助龙开设诊所，但张第一日，汤纪君之男友上诊所求医，就医时得知股票急跌当场心脏病发，诊所被迫停业。另一方面亦揭开君在此之前，已与数名男友交往，但皆不了了之，整个长洲更称君为“扫把星”君父汤鹏为免君触景伤情，托好友波将新居出售。 波与兄靠建筑起家，有一独女芷雅，其与君情同姐妹；津于公司得悉有一平价房子，便毅然决定搬入长洲，始得知与汤家隔邻，津赫然与君见面，惊为天人，便热烈追求，而当二人正式交往后，津发现倒霉事濒临，继而疏远；另一方面龙在多次相亲后，自尊受损之极，一日龙于静夜排徊，巧遇君，此后相约渐密，而成为情侣。 同时，雅因波病，到公司帮忙，发觉津系公司职员，为替君报仇刻意与津为难，而渐生情愫。在龙、君两人怠情浓密之际，龙凭幼时颈上竹牌与失散多年的母亲露露相认，未几露病发，加上一连串打击下，遂对君的"扫把星"命起了怀疑，君伤心不已，决意离开龙，而当君正想离开香港这个伤心地时，龙却发现露并非自己亲母，更发觉不能没有君，乃几经辛苦把君留下。 但二人再正式办理结婚事宜时，龙因旧疾复发，君得悉后亦怀疑自己会克死龙，而决定离开，龙想尽办法留住君，究竟这对倒霉的有情人能否终成眷属？扫把星、克夫是否真何信？结局将使人感动不已！
這天熱鬧的西街廣場，年輕人們聚集在此享受夏日活力，小茴和夏天相約在此碰面，夏天陪著小茴要賣個網路虛擬寶物，意外的是，這次交易的對象竟然是學生中的惡霸---以孔龍為首的櫻野三小龍！夏天、阿將、方威、BULU，這四個從小在老西街一起長大的同學兼好朋友，見小茴有難，其他三人怎能坐視不管？於是跟孔龍起了衝突。 櫻野三小龍的小魏看孔龍不敵阿將四個人，機伶的求助孔議員，孔議員於是利用自己的私權，將整個事件擴大渲染，阿將跟孔龍的紛爭成了第二天報紙頭條--『西街惡少，持槍恐嚇』。 整件事情鬧得整個櫻野學院校園沸沸揚楊，校長在夏天的父親夏警官協助排解下，要求孔龍跟阿將和解，但是，此時孔議員的一通電話，要求校長把阿將、方威、Bulu退學，再度讓整個事件變得難以收拾！ 孔議員的電話，變成校長不得不讓阿將他們退學的壓力；明天即將退休的夏警官，因為協助排解這個糾紛，意外地把自己的配槍掉在櫻野學院；校長提出只要阿將等人幫夏警官找到配槍，就不讓他們退學的條件，阿將會接受嗎？夏警官的槍又掉在哪裡呢？ 一把遺失的警槍，幾個可能被宣判退學的學生，將在櫻野學院展開一段不可思議的故事！
民国初年，有个小镇以贞节牌坊出名，从进村的道路几步一牌坊，全是历代贞烈妻子的荣耀。 名门之女夏梦寒（刘雪华 饰）错嫁纨裤子弟曾靖南，谁料丈夫婚后拈花惹草令温婉的梦寒以泪洗面。曾家义子雨杭（钟镇涛 饰）亲眼看着悲剧发生，心痛梦寒的处境。二人因了解而日久生情，最终强烈的爱意战胜了封建礼教的束缚，当靖南意外丧生后这对有情人开始极力寻找出路，然而这个小镇向来只要求 女子忠贞而不管束男子的花心，雨杭和梦寒被乡亲用棍棒乱打，追赶着度过那九节牌坊，这一幕被梦寒的女儿看到，惊吓过度的她从此不能说话，梦寒和雨杭极力给她一个温暖舒适的家庭，希望她能早日回复正常……
不知为何，在冯德伦身上接二连三发生了许多倒霉事： 因坏了的手提电话而激怒了好友陈子聪的太太何超仪；母亲百般要求他帮忙自己朋友买演唱会门票，对方拒绝付款；父亲得罪了快餐厅的伙计，遭到报复的却是冯德伦自己；朋友李灿森要求他帮忙照顾爱犬，狗却无故丢失了；拿着已过限期的单据到百货公司取货；被李笼怡误会他是偷窥狂；与Liza.s拍广告，想取回已被拍卖的厚底鞋却遭到蛮缠妇人刁难；按摩时被按摩师占便宜；为了追讨酬劳，却因此失去了拍广告的机会；到酒店时误闯了梁咏琪的房间，只因被酒店职员捉弄…… 一系列发生在冯德伦与好友有关的倒霉事陆续发生。
年轻有为的民意代表杨启逍（庄凯勋 饰），接手父亲旅馆生意，游走黑白两道。徐梓薇（张榕容 饰），前特勤小组成员，因公受伤破格升职。一起移工脱逃案意外牵扯上分尸案，徐梓薇与菜鸟警察陈家豪（刘冠廷 饰）私下调查，怀疑与毒蛇集团有关。然而上司斥责徐梓薇越权查案，将她调职去担任杨启逍的随扈。没想到两人的命运早在3年前的一桩挟持案就陷入纠缠…宛如罗生门般的破案过程，让所有人不知不觉一步步地走入了某人精心策划的「布局」之中。
