小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
在错的时间遇上对的人
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
方寒与同伴前往归虚历练，一路上战天魔、斩神族，又因挑战仙道魁首太一门的权威被逼入太元仙府，反而因祸得福，修为大涨。逃脱生天之后的方寒恪守本心，护持同门，继续谱写属于自己的热血传说。
光头强（谭笑 配音）和爸爸（孟雨田 配音）之间的关系一向不算太好，两人分居两地，很少有联系。这一天，光头强的爸爸突然来到狗熊岭探望自己的儿子，虽然爸爸对待光头强照顾的十分周到，但三观不合的两人之间还是很快就发生了冲突。 在父子两人又一次爆发激烈的争吵时，光头强和熊大（张伟 配音）、熊二（张秉君 配音）意外的被“缩小机”给变小了，并不知道事件真相的光头强爸爸以为儿子失踪了非常的伤心，遂选择了离开。他并不知道的是，自己在无意之中带走了缩小机。就这样，为了恢复原本的尺寸，光头强带着两头熊开始了寻父之旅，被缩小后的三人需要面对的，是平常万万想象不到的困难和麻烦。
公元2458年，地球与火星引力环移民，为了火星稀土征收事件，在月球空域爆发战争。在双方均付出惨痛代价后，火星与地球终止一切交流，开启了短暂的和平。零战时代，除了火星的威胁外，由月球罪犯组成的宇宙海盗，日益猖獗。一百多年的和平在西元2588年终结。在月球城邦爆发新型流感H1Z1而束手无策时，隔绝已久的火星释出善意，派出医疗舰前往月球进行人道救援。没想到，此次虚假的援助，竟然是进攻的开始。月球城邦军节节败退，引力环接连失守。月球军凭借着月球机密兵器——凯能的力量，抵挡了宇宙海盗的侵略性攻击，成功守住疆土。虽牺牲重大但仍度过了被破城的危机。西元2589年，火星军无视停战协议卷土重来，对与地球的连合国协展开攻，月球军派出凯能部队支援地球军。战斗陷入白热化胶着状态，宇宙海盗、月球城邦以及地球被推向面临同归于尽的残酷战局。
故事围绕多个角色的情感纠葛与家族矛盾展开，主要情节包括宇浩与梦媛的童年回忆与情感冲突、刘奶与晴天的收留与矛盾、以及梦媛母为利益干涉子女关系等复杂人际关系。剧中包含大量家庭伦理、爱情和商战元素，人物关系错综复杂。
一个意想不到的包裹从外太空送来，这其实是套豪华的游戏装备，里面包括5个被送来征服世界的机器人士兵，他们名字分别是霍特，他是这个五人军团的队长，团队里面的领导人和逗逼担当，经常被其他另外四位团员鄙视，口头禅是“燃烧起来吧”；菠菜，是团队的狙击手，虽然是女孩子，但是人狠话不多，每次出场必定弹无虚发；黄小兵，一位超级缺爱的通讯兵，酷爱公主娃娃“咪咪”，经常犯花痴，幻想爱情，口头禅是贱兮兮的说“抱抱我”；威力，团队的武器库和力量担当，他就是传说中的铁憨憨本人，口头禅是“我好饿”；麦迪，团队里的医护兵，看起来脾气不好，但每次都是笑着面对各种困难，整个世界就没有他修理不了的东西，只不过每次被他修理的东西都会出现意料之外的“惊喜”。他们的个头都非常小，但是却具有难以想象的战斗力，尤其这五小只合体成功后，战斗力堪比一个百人军团，最最主要的是他们都正能量满满，遇到困难，绝不放弃，迎难而上，且不与反面派为伍。他们称自己为“T战士”（第二季会有“X战士”出现），把这个地球男孩视为“客户”，并且希望他来指挥和执行特别行动，但这个孩子能让他们做什么呢？这点儿非常值得期待。就这样，一个个充满热血的机器人战士与地球的凡人小子一起展开了一场充满冒险精神的征服世界之旅。
在很远很远的地方，有一个神奇的魔法王国——诺亚王国，诺亚王国的国王因事务繁忙常常无法陪伴小女儿莉莉公主，缺少父母陪伴的莉莉公主从魔法学校离开独自跑到魔法集市，天性精灵古怪、好奇爱玩的莉莉跟着魔法宠物来到阿普斯女王统治下的魔法宠物王国，阿普斯女王决定好好管教这个淘气又任性的小公主，莉莉公主沦为魔法城堡制作宠物的工人并被女王各种刁难。与此同时来自另一王国的两个反派坏蛋格鲁鲁和法沙也偷偷潜入女王的王宫准备偷取魔法宠物。忙于处理国事的国王被魔法学校的甘道夫院长告知女儿莉莉公主不见了，国王心急如焚丢下政务和公主的几个小伙伴踏上了寻找和解救公主的旅程……
女帝重生顺者昌逆者亡
《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
玉珥只是想把自己嫁出去，谁知一不小心克死了四个未婚夫……没人要就没人要吧，就让她安安静静做个单身狗。可是，亲爱的皇叔呐，咱们来商量商量，下次你想来我房，走门行吗？我给你留门！“不行！我们是在幽会，爬窗我比较有感觉…”
虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
