小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
故事发生于封神大战后。姜子牙率领众神伐纣，赢得封神大战胜利，以为可以唤回世间安宁。然而，一切并未结束。一个偶然，姜子牙发现了原来“封神大战”之下酝酿着更大的阴谋。姜子牙开始踏上探寻真相的旅途......
这天，道歌教练安排了一个任务给水下摩托艇石头两只受训潜水艇——贝贝和与阿力，那就是先将海参们放回珊瑚堆，然后找到一个合适的箱子，去将飞机苏茜运来的鳗鱼运回培训基地。三个小伙伴一开始为了争夺负责人，几乎搞砸了所有事。后来他们认识到自己错了，于是齐心协力终于完成了任务。潜水艇贝贝和阿力这天毕业了，毕业之际，他们回想起自己接受潜艇训练的点点滴滴：为救教练潜到20米、与油妈交换工作……这当中不仅使他们懂得了做事的道理，还令他们收获了可贵的友情。
第12季讲述了白月初被涂山雅雅带到危险的“圈外”发动了她的独门绝技镜花缘，唤醒了白月初失落的记忆，揭开了东方月初当年是如何在道盟推动人和妖和平的背后故事。
为了从叔叔手里夺回属于自己的一切，她接近叔叔最大的客户盛筠，本以为可以得到自己想要的结局，可不曾想他也是步步为营，将自己算计在手中。两个人困在爱中，却又害怕向对方展露自己的真心，万一走错一步，可能就无法回头....
未来时代，地球上的植物全部枯萎。在此期间，天地公司研制了仿真植物，只不过投入市场后效果并不理想，令该公司老板昆总（李传缨 配音）和总监文静（杨梦露 配音）大伤脑筋。文静的女儿小雨（张安琪 配音）全心期盼和母亲共度生日，谁知却空等一夜。愤怒的小家伙前往天地公司寻找母亲，却阴差阳错被一束蓝色光芒集中。这道光来自天地公司研发的空间转移装置，它将小雨传到一个充满绿色植物和奇怪生物的美丽星球。在被怪兽追杀之际，她得到了蓝色皮肤的男孩布勒（李正翔 配音）的救助。原来布勒的孙博士（王肖兵 配音）12年前来到这里寻找智慧树种，以开发全新的仿真植物基因。 神秘未知世界，小雨即将经历一生最重要的冒险……
身怀两大道体，却因无灵根启发灵体的东方少鸿，被同族耻笑，甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至，东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄，被仙盟所困。在宗族危难之际，东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石，击退仙盟，挽救宗族于危机之间。举步维艰之际，东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救，拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上，太阴山涧，东方少鸿拼力修炼的同时，却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类，不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到，只有自己足够强大，才能救得父亲脱困，为自己正名，戳穿仙盟的阴谋。
某日，美人鱼安妮（李思娴 配音）遇见了落水正在求救的船长女儿苏珊，尽管海神一再的警告安妮不要掺和到人类的事情当中来，但善良的安妮还是无法坐视不管，遂出手相救，一路护送回海港。 途中，两人所在的轮船遭遇了海盗的袭击，聪明勇敢的安妮凭借着自己的智慧将这群莽夫耍得团团转，并且最终制服了他们。哪知道调皮的宠物猴打开了牢门放出了海盗，一群人再度陷入了危机之中。偶然之中，安妮发现这群海盗并非无药可救之徒，于是决定帮助他们重回正轨。大船撞上了暗礁沉没了，船上一行人漂流到了一座孤岛之上，哪知道在岛上，居住着危险的巨人。
