神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
三千年前孙悟空带领天兵天将把无底洞里所有妖精都抓走了，夹在石头缝里的小精灵灰豆（纪元 配音）被留了下来。好多年后从石头缝里蹦了出来的灰豆把眼都夹歪了。灰豆认识到祖先做了很多坏事，它要脱胎换骨做个好心肠的孩子。它与会三十二变的猪八戒的尾巴胖胖（张美绢 配音）相遇相识。大嘴怪要吃小兔子，为救小兔子，灰豆和胖胖把大嘴怪打跑了，被救的小兔子看见灰豆却喊着坏妖精吓的跑掉了。胖胖鼓励不被理解而伤心的灰豆，只要坚持做好事，总有一天会被理解的。大嘴怪把月亮弄脏了，灰豆冒着生命危险才把月亮洗干净。一次灰豆和胖胖在水下发现了小金龙没眼睛，因同情小金龙，它给小金龙点上了眼睛，可自己眼歪，把人家的眼也给点歪了。虽然常被误会不被理解,今后灰豆还是会继续和胖胖这个好朋友一直为大家做很多好事情......
被称为第一废物的吴燃在一次战斗重伤中偶然激活乾坤之宝圣魂骰子系统，获得了奇异古怪的神骰技能，解救了小师叔，打败了女修仙者霓纱，但是没有想到女修仙者霓纱对他有了爱慕之心。并且要把吴燃抓回宗门。女修仙者霓纱联合白龙王，一同进攻地球城池，想要获得乾坤之宝。最终，吴燃打败了霓纱，守护地球城池。
沈剑心再次回归稻香村，不断出现的奇闻、悬案、离谱发明……他和伙伴们将展开全新的冒险历程。
西行小队前往彼岸取永恒之火，途径人间镇，被穷奇地洞的奇幻绮丽之景象所吸引，误入洞中，因此意外得知了穷奇地洞的大妖百眼魔君的阴谋。为阻止即将侵袭整个妖怪大道的惊世之灾，师徒齐心作战，当孙悟空被控制神智，化身巨猿，面对前所未有的绝境与危机，西行小队又将如何逆风翻盘？
奇猫国因黑暗力量陷入大乱，喜羊羊与伙伴们意外救下奇猫国的皓月公主，为帮助皓月公主，他们启程奇猫国，岂料过程中除了懒羊羊与灰太狼外，同伴们都被女王黑化控制与他们为敌。一路上，手无缚鸡之力的懒羊羊与灰太狼受到猫化喜羊羊同伴们的围捕，他们能否用心中的爱唤醒同伴？而一路同行的皓月公主似乎心事重重，隐藏在背后的黑暗能量究竟是什么？一切迷底尽在《异国大营救》。
若干年前，号称城市三大高手之一的龙泽所率领的团队败给了利用阴谋取胜的泰坦。今天，为了能够打败不可一世的泰坦，龙泽的孩子龙然龙襄姐弟踏上了集合伙伴的征程。两人寻找当年的前辈和现在的强者，克服各种困难请他们回归和进入。之后，在战国博士的强力训练下，龙然与伙伴们得到了巨大的提升。与兽神队战斗并成为战友，最后，在与泰坦的战斗中，历经各种困难考验，取得最终的胜利。
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
无极之渊大战后，破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任，力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印，而破阵则希望重铸神坠以加强封印，辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。
