神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
沉没多年古船离奇现世，男孩馒头意外闯入，却发现船上聚集着诸多亡魂……一场大雨过后，“蝼蚁”重生，命运会有改变吗？
千年前，灵兽蜃与玄水祭司萤情同姐弟，然而蜃顽劣之极，误入魔道，以至生灵涂炭。萤为救天下苍生与汐族协力将蜃魔哄骗封印。封印之时，萤一念之仁，为蜃魔留下一线生机。此后，萤牺牲自己以赎罪，汐族众人也被困于凝固的时间之中。千年后，蜃魔复苏之日渐近，当年的萤转世为玄水祭司瞳溟。蜃魔沉睡千年，只为报复萤的背叛，他附身在了瞳溟深爱的妹妹瞳洸身上，借瞳洸之手毁灭了瞳溟所守护的一切，爱的守护和恨的利刃将会牵扯出怎样的恩怨情仇……
虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
魅惑众生的九尾狐狸？吸人精气的合欢树妖？道家妹子求双修，仙家女神表示滚远点。游走在这些危险分子中间可不是容易的事情。但为了世界和平，少年封夕豁出去啦！
某日，美人鱼安妮（李思娴 配音）遇见了落水正在求救的船长女儿苏珊，尽管海神一再的警告安妮不要掺和到人类的事情当中来，但善良的安妮还是无法坐视不管，遂出手相救，一路护送回海港。 途中，两人所在的轮船遭遇了海盗的袭击，聪明勇敢的安妮凭借着自己的智慧将这群莽夫耍得团团转，并且最终制服了他们。哪知道调皮的宠物猴打开了牢门放出了海盗，一群人再度陷入了危机之中。偶然之中，安妮发现这群海盗并非无药可救之徒，于是决定帮助他们重回正轨。大船撞上了暗礁沉没了，船上一行人漂流到了一座孤岛之上，哪知道在岛上，居住着危险的巨人。
D级向导乔扬因为一场酒后意外发现自己可以利用两个A级哨兵发小郑嘉、郑言提升自身等级，为了保住难得的S级身份选择了隐瞒利用，可却在不断的辗转于二人的过程中逐渐察觉他们对自己的心意……
地球正遭受着许多意想不到的自然灾害，面 对这些灾害降临，六年级学生罗晓宇和柳眉通过 电脑联系到快乐星球的老顽童爷爷。老顽童爷爷 派风氏三兄妹带来了快乐星球上最先进的科学监 测设备，在网络空间成立了一间实验室，让孩子 们意识到了人类对地球的破坏，和如何来改善这 些。15年后，罗晓宇成为地球上一名优秀的环保 科学家，全身心的投入到了对我们赖以生存的家 的保护和建设中。最后，地球人和快乐星球人建 立了良好的学习交流，大家快乐地到快乐星球上 参观去了。
距离猪猪侠跟魔龙王的战斗过去3天后，猪猪侠在一个神秘的黑衣人的帮助下恢复了理智，而菲菲在迷糊老师的帮助下成功变回原来的样子，超人强、菲菲、波比和小呆呆都从那个曾经把猪猪侠给恢复理智的黑衣人的的手上获得了其他四个货真价实的五灵锁，并把猪猪侠手上的五灵锁的五行力量都一分为五，使他们都拥有能变身成一个兽形战士的能力！神秘人同时将封印着玫瑰王子生命气息的魔晶[1] 交给了玫瑰公主，使玫瑰公主的心灵被魔晶控制，玫瑰公主从而和王子合为一体，王子变成了公主，在神秘人的引导之下，一错再错，放出了那些被猪猪侠战胜的怪兽，最后，再一次召唤了魔龙王，但在猪猪侠和伙伴们的努力下魔龙王再次被战胜，突然神秘人开启黑暗之门，猪猪侠等人前来阻止，却发现原来神秘人就是猪猪侠的爸爸——巴罗。他们在阻止的时候，巴罗被他儿子当英雄的梦想而感动，不料巴罗卷进黑暗之门生死不明。忽然，在黑暗之门关闭的瞬间，在天空中的裂缝中，出现了三个神秘怪兽，敬请期待猪猪侠第九季......
猪猪侠在观看决竞球大赛中，有幸获得明星球员太阳之子签名的决竞球。从此，猪猪侠立志成为职业决竞球运动员。应聘助理教练岗位失败的迷糊与猪猪侠相遇，并与小呆呆、菲菲组成一支决竞球队伍。他们确定共同的目标——夺得联赛冠军。在与超人强队比赛中，猪猪队队员之间缺乏团队合作的弱点暴露无遗。最终大家认清自己在队中的位置，双方打成平手，惺惺相惜，约定一起进军职业联赛。迷糊带队去决竞球协会注册，并报名参加流星联赛。猪猪队开始主动向其它同级队伍挑战。每一场比赛猪猪侠让菲菲专心全力进攻，猪猪侠则接住对方每一个杀球。这让猪猪队在比赛立于不败之地，也逐渐形成自己的风格。
