以古装、神话、传奇为主的单元剧《台湾奇案》分171个单元，共432集，剧情多改编自闽台地区民间传说与庙宇故事， 由郭美珠主持，1999年3月6日开拍，同年5月19日在台湾省民视首播。
故事发生在二十世纪三十年代。富家千金慕佩芸（叶全真 饰）出游遇险，被大学生叶耀华（谢祖武 饰）相救，暗生情愫的佩芸央爹爹慕天宏（李铁军 饰）将自己许配给耀华。但芸父要她嫁给门当户对的莫立群（王灿 饰），佩芸不允，阴险的莫立群差人在佩芸订婚当日制造车祸，殃及了搭车的邹平维老师一家人。心生怜悯的耀华时常看望顾照因车祸受伤的邹妻方茹涵（董璇 饰），被莫诬为二人有暧昩关系，不明真相的佩芸嫁给了莫立群。茹涵闻讯大惊，她拖着患重病的身体前往解释，不料途中病发身亡，其夫也以身殉情。耀华悲痛欲绝，他承担了抚养父母双亡的孤女筱蝶（陈文婷 饰）的责任。多年后，长大成人的筱蝶爱上了耀华，一直暗恋立群的采薇（战鹤文 饰）则唆使立群与佩芸离婚，又一场阴谋开始了......
楚留香在临终前透露了宝藏的秘密给萧氏一族，并说六十年后会有他的后人出现来取回宝藏。然而，萧氏一族内部有人贪图宝藏，最终发生了一场血腥的家族灭门悲剧。为了避免重蹈覆辙，萧十一郎（黄日华 饰）的父亲不得不舍命杀害了他的弟弟，使萧十一郎成为了唯一知晓秘密的人。 有传言称割鹿刀与宝藏有关，为了阻止传闻的继续散播，萧十一郎夺取了这把刀。然而，他意外发现这只是一把假刀，真正的割鹿刀掌握在神秘的小公子手中。小公子打算绑架武林第一美人沈壁君（向海岚 饰），为了追求真相，萧十一郎出手相救，并与沈壁君一起踏上了逃亡的旅程。
杜仲（郭晋安 饰）是京城内的一位名医，因为医好慈禧太后（罗兰 饰）久治不愈的疑难杂症而被破格升职为御医，迁入了紫禁城之内。成为御医之后，杜仲凭借着他聪慧的才智和高超的医术闻名于红墙之内，深得皇上和太后的信任。然而，杜仲却在被囚的光绪身上看到了夺目的帝王之气，并因此而被卷入了残酷的政治斗争之中。 杜仲家中有一妻洪百合（贾晓晨 饰），因其不能生育，又纳了茯苓（杨怡 饰）为妾。哪知道茯苓侠肝义胆，竟在洞房花烛之夜和人私奔，杜仲为了成全这段郎情妾意，写下了休书成全他们两人。哪知道数年后，被情人抛弃的茯苓和杜仲重逢并成为了好友，两人合作天衣无缝屡破奇案，时间久了，居然真的生出了情愫。
江曼萍的情敌连长方育淇血癌过世后，其未婚夫曾国豪远走美国，决定终身不再婚娶，令江曼萍对感情感到灰心。政治作战学校毕业后，江曼萍和同学田有芬、徐秀玲被分发到海军左营基地的国防部女青年工作大队，至于也是好友的丁淑静则在海军左营基地的政战组服务。第一天报到时因田有芬邀请好姊妹们去美浓老家吃办桌，错过了报到的时间范围内，也和女青年工作大队黄雅琳为首的学妹们种下心结。
在海军左营基地担任海军直升机飞行官的卞翔，对于殉职的学长感到自责，多年来毫无怨言地照顾学长的遗孤冯玉如母子，因此在军区经常受到指点，幸好同袍学弟对他相当信任。一日晚间，卞翔为首的军官为学长的遗子小贵庆生，和被小贵调戏的田有芬和丁淑静发生冲突。不久，海军左营基地举办联欢晚会，江曼萍为帮好姊妹报复，答允和卞翔共舞趁机捣蛋，未料这场活动牵住了多少姻缘。
属于卞翔管辖的大学役男周太鸿感情不顺被江曼萍辅导，结果反而为江曼萍带来周太鸿对她死缠烂打的恶梦。卞翔心中对江曼萍情有独钟，不但帮她解围，又在误会重重之下确切表达他的爱意，让江曼萍熄灭多年的爱情终于死灰复燃。然而责任心重的卞翔为了照顾冯玉如，被江曼萍视为花心多情；对曾国豪念念不忘的江曼萍，亦让卞翔受到替代品的质疑吃醋，多少次的风波却都使他们的感情更加心心相印。
花志中，人如其姓，由于小时候的阴影，让他只把女人当成解闷的玩物。虽然他在晚会上邂逅黄雅琳，可是他又私下接连对丁淑静和徐秀玲搭讪，让江曼萍知道黄雅琳是最大的受害者。但江曼萍和黄雅琳相处不融洽，亦让黄雅琳以为江曼萍等人是在对她做小动作。黄雅琳后来知道花志中脚踏多条船，虽然气在头上但仍然发生亲密关系，黄雅琳怀孕后花志中起初不愿负责，黄雅琳只好伤心地从工作大队辞职跟冯玉如母子一起生活。黄雅琳离开后，花志中这才发现自己最爱的是黄雅琳，于是改变原来吊儿郎当的形象，努力做一个要成家的好男人。
不善言语表达但稳重善良的佟海生，对丁淑静一见钟情，可是丁淑静之前和方育淇的胞弟方可飞有过感情，到左营服务后又跟冯玉如的胞兄冯立明相处甚欢，对呆头鹅的佟海生不大理睬。佟海生暗中知道冯立明心怀不轨，却无法当面揭发又被冤枉，只能默默保护及苦恋丁淑静。后来佟海生和卞翔合力相救，丁淑静免于被冯立明迷奸的人身侵害，遂被佟海生的爱意感动接受了他。
三对军官与淑女，在走过重重的危机后，终于开花结果，结为夫妇，永浴爱河。
故事從創造兩個量子人工智能Kuro 和 Shiro開始：柯博士打造出兩名量子Al黑子與白子，是為了讓他們陪伴博士的漸凍人兒子一起成長。在歷經了Q18的五個單元故事之後，黑子白子逐漸學會了人性，並演化出意識與感情。他們也透過連結量子電腦與人腦，幫助漸凍症少年擄獲了愛情與友誼。 但就在這美好的烏托邦來臨時，博士卻認為科技已經失控，決定親手毁滅掉黑子與白子⋯⋯
达摩，天竺人，禅宗二十八代佛祖。是把禅学带入中土的第一人。他为弘扬佛法东渡中土历尽艰辛，后终在少林寺后山面壁九年得悟大道和高深武艺。其经历充满传奇性和戏剧性。达摩到中国弘法大乘佛教之时，正值南北朝的分裂时代，社会治安极差，民心凋敝，原有的佛教教理偏重于追求个人名利，趋附权贵，造成世风日下，道德观念也愈来愈难以发挥制衡作用。达摩行医济世，遍施爱心，在下层百姓中广结善缘，引起共鸣。他救助了面临被焚噩运的麻疯女小婵，在日久相处中小婵对达摩由感激而生爱情，给修心性的达摩带来不小的历练。北魏国师流支三藏巧于言辞，善于为高官大户说经乞福，他以说法传扬自己，一时名声颇盛，因而对达摩的声誉鹊起心怀嫉恨，遂进谗言于南梁君主梁武帝，使梁武帝对达摩这个乐于厮混民间，不先至皇宫拜见的和尚产生很大误解。又加之达摩为救助病势沉重的小婵差点误了梁武帝的召见，听信身边佞臣之言的梁武帝未能接受达摩“大爱的道理”。达摩带来的全新禅理激怒了抱残守缺的大臣，他们伺机以诡计加害达摩。遂将达摩困于一地牢之中，以火焚之，达摩临危若定。突围至长江，面对滔滔江水和凶猛的追兵，以一束苇草为舟飘然渡过彼岸，众人大惊疑为神仙。达摩一路来到北魏，继续寻找师傅指引的可以弘扬大道的地方，流支三藏发现嵩山少林寺颇似达摩所说的地方，为阻止达摩修行，火烧少林。是夜突降罕见的大雨，少林寺因而无恙。达摩看到寺前的两株桂树，顿然明白他已经找到修行弘法的所在。在少林寺的修行依然历经磨折，达摩教众人练武以求强身健体。练武之事竟惊动太子，太子希望与达摩精研禅理，流支三藏怕危及自己的国师之位，又起害达摩之心。他令人教唆小婵初谙男女之事，用以诱惑达摩，幸而达摩灵智不泯，决心到山洞中面壁，斩断情孽。达摩面壁九年，对禅学佛理和武功都有了更深的彻悟，而流支三藏对他的五次陷害反成就了大师的功德。达摩把自己的所悟所得耐心地传给大弟子小宝。少林寺住持慧光感于达摩的功力，主动让出宝座给达摩。达摩主持少林寺，开始了中国禅宗的兴起。达摩经多方考验，收神光为徒，改名慧可即禅宗二祖。达摩觉得已完成了在中土弘法的大业，想返回久别的故国，他知道百姓和弟子们不舍他离去，就乘机假做中毒不治，溘然化灭。灭渡二年后，有人见到只穿着一只芒鞋的达摩…… 再查看棺中果然无尸。达摩祖师只履西归的佳话传遍天下，流支三藏竟震惊得跌落山谷而死。
唐伯虎（张家辉）、文征明（林家栋 饰）和祝枝山（欧阳震华 饰）是苏州出名的三大才子，这天在南北才艺夺锦大赛中，他们代表江南六艺会馆出赛，结果大胜江北七星会馆。建宁王的义子子建见三人都是不可多得的人才，想招致帐下为己所用。贪财的枝山顺口答应，但伯虎和征明深知子建为人，拒绝了他的邀请。枝山答应后又后悔了，想开溜避开子建，不料反被子建捉个正着，幸好伯虎和征明及时赶到，不仅救回枝山，更赢了子建很多银子。从此子建与他们势不两立。王文宾（魏骏杰 饰）自小便有过目不忘的本领，更是学富五俥，为了扬名立万，文宾向子建自荐。子建正在寻找能人异士打败三大才子出一口怨气，于是文宾成座上客。一番恶斗又开始了！
家财万贯的苏保，虽然为人乐善好施，可偏偏养了一个不争气的儿子苏灿，源于未发家前的苏保听信道士的预言，说苏保即将出世的儿子乃天生异秉……
大明正德四年，原浙江巡抚衙门镇抚司总捕头佟林，天涯寻妻来到古北口。路见不平，痛揍秦岭五虎，救下名医麦青山、雕玉巧手麦玉芝父女、卖货郎燕三以及前往县衙上任的件作刁五门。佟林把捕获的五虎首恶送进县衙大牢，与当地捕快于翰东、雷大力、程咬银起了冲突，幸得悦来客栈的海大娘和海棠母女周旋，双方不打不相识。 当晚秦岭五虎劫狱，逃至麦家，强要神医治伤。佟林赶到麦家，一剑单挑力擒众虎，麦玉芝被他深深吸引。曾住悦来客栈的一名神秘女客失踪，佟林疑心是自己的妻子，四下寻找，发现她己变成无头女尸。知县胡原为女尸案开庭，冤枉了不少人，幸得佟林为大家脱罪，古灵精怪的海棠也爱上了佟林。 佟林山间寻访，找到带有血迹的单刀一把，此刀属于贪财好色的捕快程咬银。京都沼狱锦衣卫衙金事葛天仪也来到悦来客栈，他对神秘女客也很感兴趣，便悬赏二百两找寻女客头颅，并四处打听一把精雕玉扇下落，引起海棠与玉芝的惊疑。原来，这把玉扇已由神秘女客用一百两银子押给了海棠，海棠又请麦玉芝估价，玉芝将玉扇送去给她的雕玉老师贾盈烟估价，不料贾盈烟一见此扇连连叫玉芝退还，因为此乃不样之物恐招杀身败家之祸。佟林在一处被大火烧为废墟的宋厝努力挖掘，因为他听说，酷似其妻的女子，曾在此居住。佟林日夜以锄挖上，玉芝为佟林对妻子的痴情十分感动。葛天仪到麦家，旁敲侧击追问玉扇下落，玉芝不肯吐实。 燕三潜入刁五门工作坊，偷剪无头女尸留下的血斗篷一角，带回给佟林，经麦青山证实刀上的血型，与女尸斗篷上的是同一个人，佟林确定程咬银涉有重嫌，但县令胡原偏袒程咬银，不敢贸然行动。古北口名援、色艺双全的金兰花突然来到了镇上，要为义兄程咬银来出头。她诬陷佟林意图不轨，古北口捕快不问青红皂白的拿住佟林送监侦办。 麦玉芝前往贾府洽商出手玉扇之事，竟发现贾盈烟失踪，家仆万儿暴毙柴房，玉芝仓皇本奔出，竟遗忘了雨伞。不久贾府起火，火场留下两具焦尸，贾府玉器均不翼而飞。衙门怀疑贾家主仆葬身火场，程咬银从玉芝遗下的雨伞怀疑到她，海棠通风报信，带玉芝逃入山中。捕头于翰东在燕三住处搜出了贾府的玉器，燕三逃走，捕快们只得把麦青山带回公堂问话。佟林听说海棠、玉芝逃入深山，急得纵马急迫。隐匿山中的恶匪关东三熊，受葛天仪的指使埋伏此地要办一件大事，见海棠、玉芝二女路过，大喜追逐，二女拼命逃入山洞，幸遇佟林将她们妥为安置。 佟林查探火场，发现多项疑点，断定万儿末死，乃设计引万儿现身，并起出多件贾家失窃的玉器，随之而至的程咬银，为了争功，竟背后打昏了他，被先一步到现场的雷大力和于翰东看到。万儿在公堂常上人供出实情，，只因贪图贾府玉器，将贾盈烟囚在自己家中，再抱来两具死尸放火烧屋，造成盗窃杀人，佟林救出贾盈烟。海大娘、麦青山上山迎回海棠与玉芝。
故事发生在清朝末年，将军霍刚遭奸人陷害满门抄斩，其女霍小雪（俞小凡 饰）因未满月而被奶娘救下，成为了霍家血脉最后的传人，霍小雪心中因此埋下了仇恨的种子，发誓终有一天要为父报仇。童大人是霍刚的好友，因为无法挽救霍刚一家人的性命，内心一直十分愧疚。 某日，童大人一家遭到大盗胡笑天一伙人的伏击，家中四个孩子，除了小儿子童玉官（唐志伟 饰）外，其余三人皆不幸失散，他们四人身上分别佩戴了一块和田玉，这四块玉石成为了辨认四人的唯一证据。一晃眼二十年过去，童家四个孩子在机缘巧合之下重逢了，而曾经的单纯女孩霍小雪，此时已经成为了京城名妓，化名殷小钗。
清代末年，佛山望族后人陈大有（张卫健）世袭绸缎庄，风流玩乐，不善生意，赌掉万贯家产，竟将妻子倩雯（胡可）典当给宿敌柳原。大有浪荡江湖，认识了杂技女子容希儿（李彩桦），情 色之间萌生斗志。陈大有再续商战奇迹，但却因盗墓被都督纳兰正（谭耀文）通缉。峰回路转，陈大有竟是大清格格（刘晓庆）的亲儿，与纳兰正是同母异父的兄弟，兄弟俩能否相认？ 陈大有咸鱼翻身，重操家业，赎回妻子。但妻子赎回后，该怎么面对容希儿？而回到身边的妻子，竟已有了柳原的骨肉……
传奇卧底爆seed归来，发现世界天翻地覆。昔日如师如友的搭档卓凯疑似变节，空降上司韦作荣作风强硬。敌友难分，关系错综，一场关乎每个人安危的对决，正愈演愈烈！
