黄家岚（关咏荷 饰）十多年前留下儿子，独自出国深造。现在她又回到了阔别多年的香港。机缘巧合之下，家岚进入了言氏集团下属的形广告公司任职，恰巧她的儿子陆哲（蔡淇俊 饰）也在这里担任摄影师。陆哲并不知道黄家岚就是自己的母亲，他自小由奶奶伍恒（金燕玲 饰）带大，一直十分怨恨母亲当年抛下自己不顾而去。形广告公司各式各样奇尼古怪的人俱有，同事们演绎了一出十分多姿多彩的生活剧。
裁判法院法官高希敏（宣萱 饰）是个出名的钉官，铁脸无私，公正严明。潜意识里希敏不相信男人，也不相信婚姻！却想不到一次意外的邂逅，她竟然闪电结婚！令她改变初衷的，不是高大威猛的事业型男人，却是个喜欢打理家头细务凑仔煮饭的小男人葛国光（陈锦鸿 饰）。原因竟是因为一次酒后缠绵，却发现希敏怀了自己的骨肉，并打算堕胎，国光竭力阻止，并向希敏求婚，被一口拒绝。希敏为了断绝国光的纠缠，故意订立了一份非常苛刻的婚前协议书，以为用这方法可以吓走国光，想不到国光竟然毫不犹豫，立即签署！并立誓遵守协议书所有条文，令希敏大为感动，终于答应与国光结婚，并生下小儿子，开始了三小口子的幸福家庭。然而始终磨难不断。
小巴司机祁逸升（黎耀祥 饰）与年过半百的妈妈和六岁大的儿子祁望（郑耀轩 饰）相依为命。望仔天生患有食物敏感症，逸升一直严格控制望仔的饮食。一日，逸升带望仔去超市购物，一位好心的阿姨误将敏感食物给望仔吃下，望仔病发被送往医院。几个月后，两人再次相遇。逸升得知她就是耀罡建材发展集团的女少东饶毅昕（苏玉华 饰），此时她已是耀罡的CEO。毅昕本准备好与男友前往新西兰过着无忧无虑的生活，然而饶父病重，毅昕担此重任，却引起饶家上下一场轩然大波。争权夺利的二妈和三妈使出浑身解数，欲将毅昕踢出局，推自己的儿子上位。因缘际会下，沉稳体贴的逸升成为了毅昕的私人司机。两个身份阶层迥然不同，生活轨迹南辕北辙的有情人，最终又能否走到一起，携手明天呢？
特技演员程郎（黎明 饰）幼时与父亲程孝全（刘兆铭 饰）不和，负气去了台湾独自生活，妹妹程虹（杨美仪 饰）借来台湾找老同学沈文薏（周海媚 饰）的机会想让哥哥回香港。在妹妹的说动下，老婆跑路独自带着儿子的程郎终于回到了香港，回家后的程郎重逢童年伙伴高天俊（温兆伦 饰），并很快与一名越南难民展翘（邵美琪 饰）发展出刻骨铭心的恋情，可展翘最终选择离开香港，两人幸好失落之余沈文薏的出现让程郎看到一丝曙光。与此同时，程郎不知道妹妹已经爱上了高天俊，而高天俊却爱着文薏，被横刀夺爱的他渐渐开展了一系列丧心病狂的报复手段，一团乱麻之际展翘回港，程郎陷入了剪不断理还乱的三角关系中。
古意（陈松勇 饰）、郭天和明郎（江宏恩 饰）三人是情同手足的死党，彼此之间关系十分要好。然而，明郎误入歧途和黑道产生了瓜葛，身为警察的古意和郭天不得不同昔日好友兵戎相见。走投无路之际，明郎将自己刚刚出世的孩子托付给了古意照顾，之后跌落了山崖。 在古意的悉心照料下，明郎的孩子渐渐长大，古意为其取名为阿郎（江宏恩 饰），以纪念他的父亲。静华（徐敏 饰）是郭天的女儿，一次偶然中，她在就职的学校里同阿郎相遇了，随着时间的推移，两人之间渐渐产生了真挚的感情，这让同样喜欢着静华的阿郎的弟弟宗胜（刘至翰 饰）感到十分不是滋味。
郁彩玲（佘诗曼 饰）第一天去护校上课就遭遇同宿舍室友高晓岚（康子妮 饰）的高傲，然而简单直率的她并不介意。郁玲拥有一个幸福的家庭，父母开火锅店，生活美满快乐。而晓岚的父亲和两个兄长都是著名的医生，她想以护士为踏脚石考入医科。男学护容德基（陈键峰 饰）与晓岚在预科时就已认识，并对晓岚十分倾慕。然而高傲的晓岚拒绝了基的爱情。彩玲的热心劝慰令基感动，对工作同样积极对生活同样充满热情的两个人终于相爱。晓岚却在医生考试中落榜，更可怕的是她患上了基性肾病，在基的照顾下，她感受到了护士的伟大，同时也发现自己爱上了基……
聂子良（李威 饰）和师宇文（唐宸禹 饰）奉命看守莲花大师圆寂之后留下的舍利子。某日，卓玛（洪小铃 饰）前来盗取舍利子，被两人阻止，一来二去之间，三人产生的难分难解的感情。最终，舍利子还是遗失了，为了赎罪，聂子良和师宇文投湖自尽。 投胎转世之后，三人都忘却了前世的记忆。聂子良和女友以珍（林立雯 饰）相恋八年，彼此之间感情十分要好。卓玛成为了以珍最好的朋友。在一场意外中，卓玛重新获得了前世的记忆，回想起了自己对聂子良炙热的感情，然而她不愿意伤害以珍，只能将这份感情深深的埋藏在心底。然而，以珍还是察觉出了男友和闺蜜之间的异样。
故事从一场超市纵火案展开，24岁的嫌犯造成五死十二伤的惨剧，这案件成为施⾏国民法官制度后，首个可能判处死刑的案例。 大火也烧出了六个家庭交织的命运，时有错过又彼此牵扯，他们背负着各自生命故事跨越了20年，复仇、背叛、伤害、坠落，并相互救赎，在随机杀人事故之后，命运会将这六个家庭带往何处？
明朝洪武年间，良材县农官陈忠之女陈细妹（郑希怡 饰）继承了亡父的遗志，从小便有锄强扶弱之心，义字当头，成为良材县人见人爱的女护农。大利米店老板谢苍天（夏雨 饰）为感激圣上御赐九龙白玉碗，而将其子取名为谢皇上（马浚伟 饰）。谢皇上文采风流，自恃聪明绝顶，势要成为良材县为民请命的好官。谢苍天虽唯利是图，但为圆其子心愿，不惜重金捐官，让谢皇上当上了农官，还聘请了发誓不说话的师爷戴从文（黎耀祥 饰）和几名恶衙差给他。戴从文才高八斗，料事如神。在他的帮助下，谢皇上屡破奇案，两人惺惺相惜，合作默契，关系更为密切。此后，谢皇上接受戴从文的建议消解了与陈细妹的误会，并聘请她作为女护农。
洪七公（魏骏杰 饰）原是含着金汤匙出生的富家子弟，然而不满丰衣足食之生活，喜欢四海结交好友，更同丐帮众人交往甚密。丐帮表面平和，内里却分为“净衣”和“污衣”两派，两派之间斗争日益激烈，洪七因爱上了净衣派长老的女儿程雪芯（黄晓燕 饰）而被卷入了斗争之中。 段智兴（郑伊健 饰）从小和母亲相依为命，长大后，受母亲所托，他千里迢迢来到云南，只为了寻找生父段王爷。然而，段王爷的弟弟策划了一个阴谋，使得段智兴的母亲最终为救段王爷而命丧黄泉，段智兴因此记恨父亲。洪七公和段智兴是结识多年的好友，彼此之间结下了坚实的友谊，之后却因为《武穆遗书》和奸人挑拨而产生误会，反目成仇。
李楚荞（邵美琪 饰）曾是多年前一桩变态杀人案的幸存者，却也失去了左臂。面对突变楚荞心如死灰，可在邂逅了魔术师章世言（陈豪 饰）以后，一切开始好转，她再次恢复生活的信念二人也顺其自然的成为情侣。另一边，靳兆楠（郑少秋 饰）是城中知名的话剧演员，却因为多年前女儿的失踪存有心病，又导致妻子（陈秀珠 饰）与之离婚，由此全力投入话剧表演。因出演一名杀人犯靳兆楠还卷入了一起连环杀人案，并结识了楚荞和章世言，更对章世言的妹妹章世婷（陈茵薇 饰）有种特别的感觉。章世言在结识兆楠以后性情大变，也引起了兆楠的怀疑，章世言密不可言的过去是否就是一切蹊跷事件的缘由？
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
