15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
故事发生在私立汐美学园之中，这里汇聚着在各种方面有着杰出表现的孩子们，他们的身上，承载着整个城市的荣耀和希望。学园之中有着“睿智之城”美名的图书馆格外醒目，然而，在图书馆最深处的阅览室中，大幕正在徐徐的拉开。 有着旺盛求知欲的笕京太郎（间岛淳司 配音）、乐观开朗积极努力的白崎绪美（米泽圆 配音）、稳重认真深受信赖的樱庭玉藻（齐藤佑圭 配音）、外冷内热的御园千莉（山本希望 配音）、温柔善良的铃木佳奈（仙台绘里 配音）和大大咧咧的小太刀凪（种崎敦美 配音），六名互不相识的少年少女在冥冥之中汇聚在此处，即将展开他们波澜壮阔的冒险。
在秩序井然的艾嘉王国，人类谨遵祖先的教训，绝不抬头仰望苍穹，放纵思绪流淌狂奔。传说在很久以前，地上的人们挑战造物，结果致令重力反转，难以数计的人类和建筑“坠入”蓝天，销声匿迹。但森严的秩序和自由思想势必发生冲突，少年艾吉（冈本信彦 配音）夜晚偷偷溜到野外，躺在草地上仰望繁星点点的夜空，而就在此时，身后的洞口出现了一个神色慌张的女孩。她叫帕特玛（藤井雪代 配音），拥有和艾吉全然相反的重力场。为了防止帕特玛跌落到空中，艾吉小心翼翼将其带到小屋保护起来。可是政府很快发现了帕特玛的踪迹，最高领导人动员全部力量展开围捕。 在你来我往的追逐过程中，艾嘉王国和反转人的秘密也悄然揭开……
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案中身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活。再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，甚至演变成步跟她们全同居在一起的局面……
主角小野寺律于初中时与嵯峨政宗（后因为父母离婚的关系改名为高野政宗）在图书馆一见钟情，起因是政宗帮他拿到了高处的图书。之后小野寺律从借书处得到了政宗的姓名，并开始借阅他读过的图书、进行各种跟踪行为以加强对政宗的了解。（为了不被发现，谨慎的他在借阅图书时使用了虚假的班级和假名——织田律，这也是高野未能在小野寺律申请就职时便知道其身份的原因）。结果在苦恋三年后，小野寺律由于在图书室借同一本书时碰到嵯峨的手，不知所措之下向嵯峨前辈告白，戏剧性的两人有了一段短暂而深刻的爱恋。由于嵯峨前辈觉得小野寺律傻傻的很可爱，发出一声轻笑（其实是为了掩饰自己的害羞），使双方都误会对方，自此分手。但是冷酷的嵯峨前辈对小野寺律有着很深的爱恋，因为小野寺律一直温暖着嵯峨政宗。
在一栋大楼最底层甦醒的13岁少女，瑞吉儿·加德纳(レイチェル・ガードナー)，她没有任何记忆，不知道自己为何在这里，而为了回到地面，她开始试着逃出去，但是突然在她面前出现了脸上缠满绷带、拿着有如死神般的镰刀的杀人鬼。 “拜托你，杀了我。”“帮我一起从这里出去吧。那样的话，我就会杀了你。”两人之间的奇妙羁绊，随着那“荒诞的约定”而逐渐加深。这里究竟是什么地方？两人为何被囚禁于此？等待着两人的命运又是如何？为了从密闭大楼逃出的抱死觉悟之行揭开了序幕。两人最终是否能够坚守约定，并且安全地逃出这栋大楼呢？
一如片名，他們將在花都巴黎工作遊樂的同時，邂逅一位擁有謎樣身世的銀髮少年オリヴィエ（奧利佛），並意外身陷サラマンダー男爵（沙羅曼蛇男爵）精心佈置的「毀滅巴黎」陰謀之中。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
