故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
洲朝末年，昏君幽王受妖姬小姒蛊惑，建立封神台意欲封神，一时间妖孽横行，民不聊生。猎户之子的韩箕一家本过着与世无争的生活，但因为暴政，年幼的他遭遇父母惨死，走投无路之际被山中隐士所救，传授武艺。为阻止昏君灭世，韩箕奉师命斩妖除魔，并协助子殇剿灭洲朝。不料小姒身后竟然有真仙元冥圣君的支持，封神台已成定局，天下再度陷入危机…… 千军万马，十方恶霸，九州奇侠，高岭之花，洲朝末世，封神天下！
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
千年前，灵兽蜃与玄水祭司萤情同姐弟，然而蜃顽劣之极，误入魔道，以至生灵涂炭。萤为救天下苍生与汐族协力将蜃魔哄骗封印。封印之时，萤一念之仁，为蜃魔留下一线生机。此后，萤牺牲自己以赎罪，汐族众人也被困于凝固的时间之中。千年后，蜃魔复苏之日渐近，当年的萤转世为玄水祭司瞳溟。蜃魔沉睡千年，只为报复萤的背叛，他附身在了瞳溟深爱的妹妹瞳洸身上，借瞳洸之手毁灭了瞳溟所守护的一切，爱的守护和恨的利刃将会牵扯出怎样的恩怨情仇……
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。 在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
贼贼猫归隐山林后，过了几年，猫王小气猫又想攻打鼠国…… 猫国动员了十个军团的庞大兵力，前来进攻鼠国。.很快就打下了鼠国的要塞雷云关，鼠王吓的想要投降，福福鼠和他的朋友们决定和猫国决战。经过研究，他们认为猫国的军队数量虽然多鼠国三倍多，但他们有很多缺点。福五鼠决定运用孙子兵法的谋略，决定在锁龙山的困龙谷埋伏，歼灭猫国军团。
斗罗联邦科考队在极北之地发现了一枚蛋，蛋里孵化出了一个小男孩。科学家夫妇收养了这个身世不明的男孩，为他取名“轩宇”。几年过去，蓝轩宇和养父母一起过着平静的生活。然而武魂蓝银草觉醒后，他身上却出现了越来越多的谜团。
