故事发生在抗日战争时期，杭州湾地区新四军建立红色通道并由此组织人员在浙东地区进行敌后游击战。杨来西年纪虽小但是灵巧机敏，作为侦通班的战士屡次打探到重要敌情，帮助浙东人民打击日伪军。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
动画分为三个短篇。 《一碗乡愁》：青年小明（坂泰斗 配音）独自一人离开故乡来到大城市北京打拼，掐指一算，他已经很久没有回去过了。某日，小明拖着疲惫的身躯去往上班的路上，忽然怀念起了家乡的味道。往事伴随着思念渐渐浮现。 《霓裳浮光》：依琳（寿美菜子 配音）和璐璐（白石晴香 配音）是两个生活在广州的年轻女孩，无依无靠的她们相互扶持，将彼此视为自己的亲人。依琳曾经是一名红极一时的人气模特，但现如今，她能够很明显的感觉到自己的事业正在走下坡路。巨大的压力之下，她只有将情绪发泄到离自己最近的璐璐的身上，两人之间产生了隔阂。 《纤雨初晴》：故事发生在1990年代的上海，李墨（大冢刚央 配音）和夏小雨（长谷川育美 配音）是青梅竹马的玩伴，两人的友谊一直持续到了中学时代。然而，当李墨离开了故乡去别的城市上学之后，这段友谊便画上了句点。
莫家庄里，金光善的私生子莫玄羽献舍成功，随着一句在此恭迎夷陵老祖魏无羡，魏无羡得以重生。重生后的魏无羡必须满足莫玄羽的三个愿望才能不被诅咒反噬，在机缘巧合下，凶尸将莫家庄少爷莫子渊、随仆阿童、莫夫人等先后杀死。但是凶尸力量强大，虽然魏无羡暗 地里帮助蓝愿与蓝景仪驱除凶尸 却依旧苦难重重，就在魏无羡要绝杀的时候，蓝湛赶到压制住了鬼手。 时隔13年，蓝湛和魏无羡再次见面了。魏无羡骑着小苹果慌慌张张地逃跑，不曾想却遇到金陵和江澄、以及鬼将军温宁。为了解除鬼将军带来的危机，魏无羡吹响竹笛将其制服。因为鬼将军只有夷陵老祖魏无羡才能控制，所以魏无羡的身份受到质疑，蓝忘机索性直接将其带回了云深不知处。
外星大王来到青青草原做客，在灰太狼（张琳 配音）家吃住三个月，让红太狼大为光火。经灰太狼的劝说，外星大王决定回去自己的星球，临行前送给灰太狼一桶像石头般坚硬的彩蛋。灰太狼自觉被骗，愤怒地将蛋扔出去，结果偏巧掉在正在丛林中玩耍的喜羊羊（祖丽晴 配音）他们身边。大家分头寻找失主，不过一无所获。后来小灰灰（梁颖 配音）偶然把蛋拆开，从里面竟然蹦出极为拉风的赛车“小帅哥”。在此之后，大块头、赛公主、先行者、红将军、排头兵、战狼传说、优雅王座、小甜甜等功能独特的方程式赛车接连诞生。 新的一年，老狼和小羊的战争全面升级，精彩到被CCTV点名……
在海豹镇长和企鹅教授的宣传带领下，海底社会认同了“外星人有害论”的观点。小潜艇阿力偶然遇到来地球游玩却和父母走散的小外星人Wugu，通过了解，阿力发现外星人不但不危险，还很友好。为了帮助Wugu找到父母，阿力和朋友贝贝踏上了冒险的旅程……
两个高中女生对拍摄短片兴趣十足，组成了学校里的影视部，结识了形形色色想拍片的同学，为他们拍摄个人和社团的短片。可是两位女主角的技术非常有限，拍摄的短片往往差强人意，拍摄过程也笑料百出，造成了学校里外欢乐的生活......
西汉武帝年间，淮南王刘安崇尚仙法，广集豆类练取仙丹，仙丹未炼成，豆子却幻化为人形有了生命，成为了“豆族”。 主人公豆福和刘安一样痴迷于仙术，但是苦修多年也未能得道成仙。青梅竹马的豆香及志同道合的好友皆怀疑仙术，劝其放弃，但是豆福一直苦苦坚持。 一次机缘巧合，豆福在神经病院碰上了神经兮兮的神经豆，在神经豆的指点下，豆福的仙术突飞猛进，而修仙背后的阴谋，也开始逐渐浮出水面……
沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
即《偷星九月天之童年故事》之后的又一部《偷星九月天》动画作品。中二少年（少女）们的无节操校园日常、脑洞大开的各种诡异课程、VV侦探学院魔鬼老师与BT校长，各种暗恋与秀恩爱的美好至极的学生生活（三月四月你们够了喂！）尽在《偷星九月天Q》第二季。
